《深海迷航——美丽水世界》
大约要从1200年前说起，先驱者部落与残暴虫族Khaara发生大规模种族战争，先驱者部落被Khaara所分泌的卡拉Carar病毒险些毁灭了整个文明。随后先驱者来到4546B星球进行病毒解药研究工作，但是随着疾病研究设施被破坏而终止，卡拉Carar细病毒布满整个行星的大气层和水体内。
大约1000年前，阿尔特拉公司殖民地实验室企图改造Khaara虫族用作生物兵器，但是这个行动失败了，殖民地系统被毁灭，进而成为Khaara的巢穴，星际航行理事会旗下的殖民地开拓军大规模伤亡。事后理事会直接对阿尔特拉公司进行了制裁，其中包括永久性禁止军事武器/实验生产活动，其他军用武器公司也不敢为他们提供武器（阿尔特拉公司只能变成了生产民用装备的公司，不再生产军工装备，连匕首也被削弱，从而出现了游戏中中没有武器蓝图的情况），唯一的凝滞枪也是不会直接对生物造成伤害的。
与此同时，在4546B星球上，卡拉病毒通过使免疫系统失效而杀死被感染者，造成了先驱者部落不可计数的死亡，而且没有任何治愈手段。当时在4546B星球上，先驱者部落建造的主要设施（玩家会接触到的）有以下三个：
1、热力发电站：位于海下1200米的不活跃熔岩区，利用热能发电来为其他设施提供能源。
2、疾病研究所（已毁）：位于海下800米左右的失落之河。顾名思义，为研究卡拉病毒而设立的研究所，通过将本地生物感染卡拉病毒，而研究其免疫能力。
3、免疫执法平台（Quarantine Enforcement Platform）：整个游戏的“万恶之源”。在一座小岛上的大型武器系统，其目的是为了应对各种可能的突发状况，封锁星球来防止病菌进一步扩散(简称先驱者大炮)（其实不止小岛上的一座，其他地方可能也有，但是没人发现过，这是通过一些玩家进行游戏而发现的）。
研究人员发现当地的一种利维坦生物（就是“海皇利维坦”（Sea Emperor Leviathan））自身对卡拉病毒免疫。海皇利维坦会分泌一种被称为42号酶的物质，可以治愈卡拉病毒。研究人员捕获了一只（也是后来仅存的一只），关押在海面1200米以下的监狱设施里面进行研究，试图找到治愈的方法。然而由于各种原因（可能是年老或者其他疾病），成年利维坦分泌的42号酶活性不高，没有办法完全治愈病毒。随后研究者寄希望于它的后代——九颗海皇利维坦的蛋。其中四颗被拿去做实验，但是失败了，也导致了这四颗蛋的死亡。随后他们保留了剩下的五颗蛋，并且试图继续孵化它们，但一直没有成功。因为海皇蛋的孵化对环境极为敏感，虽然研究者准备了成年海皇利维坦的生存环境，但是由于缺少某些活性酶（就是之后让玩家找的孵化酶），导致孵化一直没有成功海皇利维坦是一种高度智能的生物，他在游戏里数次直接和玩家精神感应对话，但是不知为何，先驱者们听不到他说的话语。
先驱者做的另外一件事情，就是制造了裂空者(The Wrapper)，它是混合了四十多种不同生物的DNA，结合先驱者的科技打造的生物。这就是在游戏里经常可以遇到的，会传送玩家，甚至可以把玩家从海蛾号和海虾号里面直接传送出来的生物。它们的主要目的是保护先驱者部落建造的设施，侦测并消灭一切受感染的生物，包括已经感染病毒的玩家。
先驱者部落平静的研究工作最终没有进行下去，意外还是来了。一只海龙利维坦（Sea Dragon Leviathan）（一种攻击力超高的利维坦生物）为了取回被研究人员带走的海皇蛋，袭击了疾病研究所，导致了研究所的毁灭，病毒泄漏到生态圈里，引发了整个星球的大灭绝。此时免疫执法平台启动，击毁一切驶入和驶出的飞船，使这个星球与外界隔离。虽然海皇利维坦不会被病毒感染，但是由于食物链的崩溃，海皇利维坦也随之大量死亡。
随着病毒的蔓延，这个星球上的先驱者部落也逐渐消亡。也许是放弃了研究，也许是死于疾病，这个种族很可能已经灭绝了。不然也轮不到人类在宇宙里瞎晃悠。
在先驱者部落灭绝的1000多年中，海皇利维坦被孤独的困在监狱里，依靠着自己的意志与顽强的生命力，等待着自己孩子的孵化。同时，它也设法通过意志训练大眼鱼（一种普通的海洋生物），使用先驱者留下的通气管道，将它分泌的42号酶带到监狱外，治疗生物感染的病毒。虽然无法根除病菌，但是至少维持了小范围内的生物圈的稳定，使一部分生物活了下来。
1000多年后，男主(玩家)作为阿尔特拉公司的雇佣员工，随极光号前往阿里阿德涅之臂星系（物竞天择中倒霉的人类，第一次碰到Khaara虫族的地方）修建相位门系统。中途途径4546B行星轨道时被古代外星文明先驱者设立在这个行星上的防空阵列(先驱者大炮)认定为闯入者，被其被击落。由于飞船的驱动核心没有被击毁，飞船迫降在海洋中。大难不死的男主(玩家)在行星上生存一段时间后，殖民地总部联络阿尔特拉公司，使其派来退役的贸易货船阳光号来进行搜救活动。但是阳光号却没有极光号那么幸运，被先驱者大炮直接命中驱动核心，炸毁在山峦小岛上空，全船遇难。在救援失败后，男主(玩家)只能继续一个人的生存之旅。在生存期间，他四处搜集食物、水源、材料等，无意中发现了极光号的另外一个秘密任务，就是搜索十年前敌对国家蒙古帝国失踪的飞船德加斯号和它的船员们（阿尔特拉掌握着银河系中9%的相位门来阻止蒙古帝国的采矿行动）同时发现了德加斯号幸存者的活动痕迹以及他们接触到的先驱者的遗物。
10年前，蒙古帝国的德加斯号飞船在试图探索4546B号星球时被执法平台(先驱者大炮)击毁，三名成员幸存下来：船长保罗，他的儿子巴特以及雇佣兵玛格丽塔。他们在星球上一共建立了三个基地，在游戏里都可以造访。
1、浮岛基地：他们逃到了一个浮岛上并建立了第一个基地。年轻的巴特建立了一个小型的农场来提供食物。但是极端恶劣的气候条件以及稀缺的资源导致了三者之间的分歧。船长保罗反对他们去更深的海域，而雇佣兵玛格丽塔则认为留在浮岛上是坐以待毙。最终他们遗弃第一个基地，在蛇菇区建立了第二个基地。
2、蛇菇基地：这是他们建立的第二个基地，此处有大量的食物以及各种可用的金属资源。在此处玛格丽塔发现了一个未知的外星人工制品（游戏中的紫色钥匙）。他们开始怀疑击落德加西号的究竟是什么，以及它是否会同样击落可能前来救援的飞船。玛格丽塔希望能够进一步探索，然而船长保罗依然持激烈的反对态度，此时巴特依然在研究当地的生物与环境。最后，船长还是同意了进一步探索。
3、水雷区基地（大堡礁基地）：这是他们的第三个基地。当在此地居住时，巴特发现了大家感染了某种不知名的病毒（也就是卡拉病毒），并试图通过在其他生物身上做实验来找到治愈方法。雇佣兵格丽塔猎杀了一只死神利维坦（Reaper Leviathan）（另一种攻击力超高的生物），随后引来了其他的死神利维坦前来袭击，导致基地被摧毁。船长保罗坠入深海死亡，他最后看到的景象是雇佣兵玛格丽塔同利维坦搏斗，孤军奋战的玛格丽塔面对死神利维坦几乎是螳臂当车，更何况是数只。巴特逃到海上，建立了最后一个基地，孤独的生存了下去（后来被坠落的极光号砸毁）。最后在卡拉病毒不断的侵蚀下，他失去生存下去的希望，同他的父亲与雇佣兵一同，变成了这个星球生态系统的一部分。
下面是玩家的游戏内容:男主(玩家)作为阿尔特拉公司的雇佣员工，乘坐极光号，被4546B星球上的先驱者大炮击毁。主角幸运地抢到了第五号逃生舱，成为了这个星球上唯一的幸存者，开始了求生之旅。
男主（玩家）在游戏中会接收到大量来自其他逃生舱的无线电讯号，不过在男主前去探索时，都没能幸存下来。留在船上的船长在扫描到了附近的陆地，并且命令19号逃生舱里的副官金（Keen）设法让幸存者在岛上集合，因此玩家接到了金的无线电。在极光号随后的爆炸中，船长身亡。而到岛上会合的只有两个人，金和于(Yu)。于试图去主动去寻找更多幸存者，金在阻止未果后，和他一同出发去寻找。两个小时后他通过紧急通信更新了留在岛上的PDA的留言，表明他和于已迷失于茫茫大海，无法幸存，并透露救援资料在最后时刻被发到极光号上了，要幸存的人前去寻找。
随后男主接到了另外一艘飞船——阳光号前来救援的信息，然而兴奋的男主目睹的却是阳光号被免疫执行平台（先驱者大炮）击毁的画面。随后男主去探索了免疫执行平台（先驱者大炮）。在试图关闭这个设施的时候发现，只有没有被感染病毒的生物才能关闭设施，而自己已经被感染了。此时，被关在监狱中的海皇利维坦通过感应发现了主角的存在，并在男主的脑海中出现了诡异的画面，并使男主听到了“你是谁？”的声音。为了解除自身感染的病毒，男主通过设施里的资料，找到了失落之河里被毁的疾病研究中心。得知治愈的希望是这个星球上唯一的一只海皇利维坦，被关押在深处的监狱长达1000年之久。
随后男主便前往深海中的熔岩区，在热力发电站拿到了蓝色钥匙。海皇利维坦通过意识召唤男主前往深处的海皇监狱，祈求男主帮助自己孵化仅存的五颗蛋。男主答应了海皇利维坦的请求，并成功制作出孵化酶，令五只海皇宝宝成功孵化而得以延续它的的种族。海皇利维坦同主角道谢，随后结束了长达千年之久的孤独与等待，安然死去。新孵化出的海皇利维坦宝宝身上的酶活性很高，男主解除了自己身上的病毒。在同一时刻，男主接收到了救援队的无线电，他们已将火箭的蓝图发射到了极光号船长室里，并给了船长室的密码，让各位幸存者自行逃脱星球。
最后男主（玩家）通过船长室的火箭蓝图，成功制造出了火箭将自己送了出去，结束了自己的孤独漂泊之旅。